StaffCarlotta De Filippo


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carlotta.defilippo@cnr.it

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+39 0552759322

Sede
Pisa

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ORCID: 0000-0002-2222-6524
Google Scholar: Profile
Research Gate: Carlotta De Filippo
Scopus Author ID: 55964602400
WoS Researcher ID: AAB-5805-2019

De Filippo Carlotta

Dirigente di Ricerca

Formazione

2018: Abilitazione Scientifica Nazionale per il ruolo di Professore Universitario di Seconda fascia, settore concorsuale Microbiologia Generale 05/I2 (BIO19)

2003: Visiting Scientist presso Bauer Center for Genomic Research, Harvard University (Cambridge, MA, USA)

2003: Dottore di Ricerca in Farmacologia e Tossicologia (XIV ciclo), Università degli Studi di Firenze

1999-2000: Visiting PhD student presso Harvard School of Public Health (Boston, MA, USA)

1995: Laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Firenze.

Esperienze professionali

2023-Oggi: Dirigente di Ricerca, Istituto di Biologia e Biotecnologie Agrarie (IBBA-CNR) sezione di Pisa, Area Strategica “Alimentazione”

2020-2022: Primo Ricercatore, Istituto di Biologia e Biotecnologie Agrarie (IBBA-CNR) sezione di Pisa, Area Strategica “Alimentazione”

2016-2020: Ricercatore III livello, Istituto di Biologia e Biotecnologie Agrarie (IBBA-CNR) sezione di Pisa, 2015-2016 Assegnista di Ricerca Senior, Istituto di Biometereologia (Firenze), Consiglio Nazionale delle Ricerche

2011-2015: Ricercatore a Tempo Determinato, Dipartimento di Qualità Alimentare e Nutrizione, Fondazione Edmund Mach San Michele all’Adige (TN)

2006-2011: Ricercatore a Tempo Determinato (RTD Moratti), Dipartimento di Farmacologia Preclinica e Clinica “M. Aiazzi Mancini”, Università degli Studi di Firenze

2003-2006: Assegnista di ricerca, Dipartimento di Farmacologia Preclinica e Clinica “M. Aiazzi Mancini”, Università degli Studi di Firenze

Interessi scientifici

Le attività di ricerca integrano genomica funzionale, tossicologia, metagenomica e metabolomica per studiare il ruolo della dieta e del microbiota nella modulazione dell’infiammazione intestinale e del rischio di malattie non trasmissibili, incluse quelle oncologiche, attraverso un approccio traslazionale che combina sistemi in vitro, modelli animali in vivo e studi su pazienti e volontari umani.

Le principali linee di ricerca riguardano: (i) l’analisi dell’impatto della dieta sulla composizione e funzione del microbiota intestinale in popolazioni con differenti stili alimentari, incluse comunità rurali, e il contributo dei cibi fermentati a modelli alimentari sani e sostenibili; (ii) lo studio delle interazioni tra microbiota e patologie autoimmuni, neurologiche, metaboliche e infiammatorie, finalizzato all’identificazione di profili microbici associati alla malattia e allo sviluppo di interventi dietetici mirati; (iii) la promozione della nutrizione sostenibile, anche attraverso il riutilizzo di sottoprodotti alimentari, a supporto di popolazioni vulnerabili; (iv) la valutazione degli effetti di interventi dietetici e probiotici, incluse diete innovative quali quella pescetariana, sulla salute del microbiota; (v) il contributo alle attività di food risk assessment e sicurezza alimentare in collaborazione con enti nazionali e internazionali, tra cui EFSA.

Progetti attivi

FEED - From Edible sprouts to hEalthy fooD
Inizio: 01/06/2023   Fine: 31/05/2027

Unione Europea

Milano, Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/06/2023 - 31/05/2027
Ente finanziatore:
Unione Europea
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Milano, Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

FEED - From Edible sprouts to hEalthy fooD


Salute e sostenibilità sono oggi elementi chiave del settore agroalimentare e delle politiche di prevenzione delle malattie croniche. In questo contesto, il progetto FEED promuove la dieta mediterranea attraverso lo sviluppo di alimenti funzionali arricchiti con composti bioattivi.

Il progetto si concentra sui germogli freschi di diversa origine botanica, comprese specie tradizionali, locali e selvatiche commestibili, che grazie al processo di germinazione presentano un profilo nutrizionale migliorato rispetto ai semi, con un aumento dei composti benefici e una riduzione degli antinutrienti. FEED mira a sviluppare ingredienti innovativi e prodotti alimentari funzionali in grado di rispondere alla crescente domanda di salute, garantendo al contempo processi sostenibili e rispettosi dell’ambiente. Considerata l’elevata deperibilità dei germogli, il progetto sviluppa soluzioni di packaging attivo bio-based e biodegradabile per migliorarne sicurezza e shelf-life. Attraverso un approccio multidisciplinare, FEED integra la riscoperta di specie vegetali con specifico valore nutrizionale con tecnologie avanzate (modelli in vitro e in vivo), includendo la caratterizzazione delle proprietà bioattive, antiossidanti, immunomodulanti e prebiotiche dei germogli.

FEED è un progetto di 36 mesi finanziato dall’Unione Europea nell’ambito del programma PRIMA, a sostegno dell’uso sostenibile delle risorse naturali e dello sviluppo dell’area mediterranee.

Progetti conclusi

BIO-MEMORY
Inizio: 15/10/2021   Fine: 15/02/2024

CNR

Milano, Lodi, Pisa, Roma Montelibretti
Flavia Pizzi, Aldo Ceriotti

Durata Progetto:
15/10/2021 - 15/02/2024
Ente finanziatore:
CNR
Responsabili di progetto:
Flavia Pizzi, Aldo Ceriotti
Sedi:
Milano, Lodi, Pisa, Roma Montelibretti

BIO-MEMORY


Il progetto è organizzato in 3 attività principali:

1) Implementazione e aggiornamento della rete di biobanche BioGenRes, con particolare attenzione alle collezioni riconosciute a livello nazionale/internazionale, di campioni di specie animali, vegetali o microrganismi (banche del germoplasma animale e vegetale, ceppoteche microbiche di organismi patogeni/tossigeni, di nematodi, microflora di suoli e acque e microrganismi utilizzati in agro-industria e alimentazione (es. starter microbici per le fermentazioni)).

2) Replicazione (ringiovanimento) e ampliamento del materiale stoccato nelle collezioni. Per le collezioni vegetali e microbiche: moltiplicazione delle accessioni di cui si dispone una esigua quantità di materiale e ringiovanimento delle accessioni i cui i dati di vitalità del seme sono al di sotto degli standard previsti (> 85%). Per le collezioni animali di interesse zootecnico: raccolta e congelamento di materiale genetico di razze locali a completamento di campionamenti effettuati in precedenti progetti o ampliamento del numero di specie e razze conservate nelle criobanche.

3) Caratterizzazione biochimica, molecolare, metabolica, funzionale e fenotipica del materiale conservato nelle biobanche della rete BioGenRes, anche al fine di realizzare studi di associazione e di identificare marcatori associati a caratteri legati alla produzione e/o all’adattamento a fattori di stress biotici e abiotici.

PROB-AI: Identificazione di nuovi probiotici mediante algoritmi di intelligenza artificiale a partire dalle sequenze genomiche batteriche
Inizio: 01/01/2025   Fine: 17/06/2026

CNR-DISBA

Milano, Pisa
Filippo Biscarini

Durata Progetto:
01/01/2025 - 17/06/2026
Ente finanziatore:
CNR-DISBA
Responsabili di progetto:
Filippo Biscarini
Sedi:
Milano, Pisa

PROB-AI: Identificazione di nuovi probiotici mediante algoritmi di intelligenza artificiale a partire dalle sequenze genomiche batteriche


L’obiettivo del progetto PROB-AI è di addestrare algoritmi di intelligenza artificiale (machine learning: ML) utilizzando un set ridotto di probiotici confermati, per poi individuare nuovi potenziali probiotici tra tutti i batteri le cui sequenze genomiche sono depositate in database pubblici o progetti di ricerca.

Tali risultati computazionali aiuteranno i ricercatori a valutare le caratteristiche comuni ai microrganismi probiotici e non probiotici, consentendo l’identificazione di nuove specie batteriche da utilizzare nei campi biomedico e farmaceutico.

Inoltre, PROB-AI validerà sperimentalmente le predizioni in silico, convalidandole in vitro e in vivo, ed individuando le caratteristiche fondamentali in grado di discriminare i simbionti dagli organismi patogeni nel tratto gastrointestinale umano. L’uso del ML per identificare accuratamente nuovi probiotici rappresenta un approccio estremamente innovativo, ancora poco esplorato in questo campo.

sPATIALS3 - Miglioramento delle produzioni agroalimentari e tecnologie innovative per un’alimentazione più sana, sicura e sostenibile
Inizio: 01/02/2020   Fine: 31/10/2022

Regione Lombardia

Milano, Lodi
Francesca Sparvoli

Durata Progetto:
01/02/2020 - 31/10/2022
Ente finanziatore:
Regione Lombardia
Responsabili di progetto:
Francesca Sparvoli
Sedi:
Milano, Lodi

sPATIALS3 - Miglioramento delle produzioni agroalimentari e tecnologie innovative per un’alimentazione più sana, sicura e sostenibile


Il progetto si configura come un HUB tecnologico e di ricerca che coinvolge 12 istituti CNR, appartenenti a 4 diversi Dipartimenti, e 4 aziende, i cui obiettivi sono: ottenere prodotti migliorati per le proprietà nutrizionali e funzionali; fornire e implementare tecnologie di precisione per garantire la sicurezza, la tracciabilità e la qualità dei prodotti; sviluppare smart– e active-packaging ecosostenibili e innovativi per minimizzare e recuperare, ove possibile, gli sprechi e aumentare la conservabilità degli alimenti; fornire al consumatore e alle aziende strumenti per la fruibilità dei risultati.

MEATIC - Faecal microbiome as determinant of the effect of diet on colorectal-cancer risk: comparison of meat based versus pesco-vegetarian diets
Inizio: 30/04/2018   Fine: 29/04/2021

JPI HDHL-INTIMIC

Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
30/04/2018 - 29/04/2021
Ente finanziatore:
JPI HDHL-INTIMIC
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

MEATIC - Faecal microbiome as determinant of the effect of diet on colorectal-cancer risk: comparison of meat based versus pesco-vegetarian diets


E’ ormai noto come il cancro del colon-retto (CRC) sia fortemente influenzato dalla dieta, in particolare è ormai dimostrato come alimenti quali carne rossa e trasformata ne aumentino il rischio. È importante sottolineare che, sebbene vari meccanismi siano stati ipotizzati, non è ancora chiaro il ruolo del microbiota intestinale in questo processo. Lo scopo del progetto è quindi quello di comprendere il ruolo del microbiota intestinale come determinante dell’effetto della dieta sul rischio di CRC e identificarne specifici profili e microbioti associati a tale rischio. La ricerca prevede uno studio condotto sull’uomo (studio clinico su volontari sani) e tre studi su modelli animali, in cui confrontiamo in parallelo l’effetto sul microbiota intestinale di una dieta a base di carne rossa ad alto rischio (MBD), una dieta MBD integrata con tocoferolo a medio rischio (MBD-T), con una dieta pesco-vegetariana (PVD) associata a un rischio di CRC inferiore. Inoltre, al fine di elucidare ulteriormente i meccanismi con cui il microbiota intestinale esercita il suo effetto sul rischio di CRC eseguiremo uno studio in un modello sperimentale in cui in animali germ-free eseguiremo il trapianto di microbiota fecale (FMT) di ratti alimentati con le tre diete. I profili del microbiota intestinale e dei relativi metaboliti specifici (SCFAs, Aminoacidi, Acidi biliari) associati a queste diete saranno correlati con la cancerogenesi, misurando biomarkers specifici di rischio  nell’uomo, e la tumorigenesi del colon-retto nei ratti alimentati con le stesse diete. I risultati forniranno una visione fondamentale del ruolo del microbiota nel determinare l’effetto della dieta, in particolare l’assunzione di carne rossa e trasformata, sul rischio di CRC.

KEPT: Knowledge Platform on food, diet, intestinal microbiomes and human health
Inizio: 01/10/2019   Fine: 30/09/2021

JPI HDHL-INTIMIC

Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/10/2019 - 30/09/2021
Ente finanziatore:
JPI HDHL-INTIMIC
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

KEPT: Knowledge Platform on food, diet, intestinal microbiomes and human health


Numerosi studi suggeriscono che il microbiota intestinale modula il rischio di diverse patologie croniche, tra cui diabete di tipo 2, allergie, malattie cardiovascolari e cancro del colon-retto (CRC). I fattori dietetici sono correlati al rischio di malattia cronica e sono stati suggeriti capaci di modulare la composizione e la funzione del microbiota intestinale. Tuttavia, le conoscenze dettagliate sulla relazione tra dieta, microbiota e rischio di malattia cronica sono ancora limitate. L’obiettivo generale della Knowledge Platform è di promuovere studi sul microbiota, l’alimentazione e la salute riunendo le informazioni disponibili nel campo della ricerca sul microbioma, sugli alimenti, la nutrizione e la salute in modo interdisciplinare, che includa anche altre discipline quali ad esempio le scienze alimentari e la metabolomica, che sono rilevanti in questo contesto. L’obiettivo è rendere queste informazioni reperibili, accessibili, interoperabili e riutilizzabili (FAIR principles: data Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) alla comunità scientifica e collegare e fornire informazioni approfondite ai vari soggetti interessati. Attraverso questi sforzi emergerà una rete di collaborazione transnazionale e multidisciplinare, che svilupperà e aumenterà ulteriormente l’impatto della ricerca sul microbiota nella salute umana. Le aree di ricerca urgenti in questo KP sono state identificate come lo studio del ruolo del microbiota nella prima infanzia, durante l’invecchiamento e nelle malattie subcliniche e clinicamente manifeste.

MAMMAL: Minimally-modified AMino Microbiota heALth
Inizio: 01/01/2021   Fine: 30/06/2023

EIT FOOD

Lodi, Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/01/2021 - 30/06/2023
Ente finanziatore:
EIT FOOD
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Lodi, Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

MAMMAL: Minimally-modified AMino Microbiota heALth


Il progetto MAMMAL mira a migliorare il latte artificiale per l’infanzia determinando l’impatto della lavorazione degli alimenti sulla generazione di proteine specifiche incluse nel prodotto che a loro volta promuovono un microbiota intestinale sano.

MAMMAL prevederà lo sviluppo di una piattaforma che utilizza algoritmi di Machine Learning per elaborare i dati di questa ricerca. Ciò ci consentirà di associare la lavorazione degli alimenti con la generazione di diverse proteine modificate specifiche e di determinare gli effetti che queste hanno sul microbiota intestinale dei bambini. La piattaforma fornirà una guida sulla trasformazione degli alimenti e svilupperà nuove formulazioni proteiche mirate che potrebbero essere utilizzate nella produzione del latte artificiale per l’infanzia. Le aziende che producono latte artificiale potranno utilizzare questa piattaforma per determinare le proteine più utili da includere, aiutandole a sviluppare nuove formule che promuovono un microbiota intestinale sano nelle prime fasi della crescita.

Il Progetto ha come partner accademico il CSIC (Spagna) e come partner industriale la Danone (Francia).

MIGHT: Gut Microbiota as a bioremediator for gut-health in infants
Inizio: 01/01/2022   Fine: 28/02/2026

CNR

Lodi, Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/01/2022 - 28/02/2026
Ente finanziatore:
CNR
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Lodi, Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

MIGHT: Gut Microbiota as a bioremediator for gut-health in infants


La comprensione della relazione tra dieta, metaboliti e ospite/microbiota è una delle sfide chiave per studiare la nutrizione personalizzata per i segmenti più fragili della popolazione, come i bambini. A questo proposito, l’apparato digerente incompleto del neonato allattato con formule a base di latte può essere influenzato da modificazioni di proteine/carboidrati derivanti dai processi di lavorazione. Poiché che il microbiota intestinale è cruciale per l’omeostasi e lo sviluppo di un sistema immunitario funzionale o l’insorgenza di intolleranze, la sua modulazione attraverso interventi dietetici è uno degli approcci più promettenti.

Il progetto MIGHT innova la produzione di latti artificiali, dimostrando che gli amminoacidi minimamente modificati potrebbero esercitare specifici esiti positivi (produzione di acidi grassi a catena corta, noti per le loro proprietà antinfiammatorie) in presenza di alcune specie microbiche, anche nel caso di una ridotta digeribilità nell’intestino tenue. Inoltre verranno sviluppati tool informatici (ontologie della nutrizione), nonché la strutturazione dei dati verrà gestita tramite risorse di database dedicati. I risultati saranno utilizzati come una serie interconnessa di strumenti innovativi con la progettazione di modifiche mirate di proteine e aminoacidi negli alimenti per altri segmenti fragili della popolazione come agli anziani al fine di migliorare la qualità dei latti artificiali e lo stato di salute del microbiota intestinale.

 

NUTRAGE - Nutrizione, Alimentazione & Invecchiamento Attivo
Inizio: 01/06/2023   Fine: 31/12/2025

CNR

Milano, Lodi, Pisa, Roma Montelibretti   Sito web

Laura Pucci

Durata Progetto:
01/06/2023 - 31/12/2025
Ente finanziatore:
CNR
Responsabili di progetto:
Laura Pucci
Sedi:
Milano, Lodi, Pisa, Roma Montelibretti
Sito web del Progetto:
Sito web

NUTRAGE - Nutrizione, Alimentazione & Invecchiamento Attivo


Con un approccio multidisciplinare, Nutrage si pone l’obiettivo di promuovere soluzioni e strategie per un invecchiamento attivo e in salute che mostra importanti ricadute sul futuro, benessere e coesione sociale del Paese. Le evidenze suggeriscono che l’alimentazione svolge un ruolo chiave nel favorire la prevenzione e il ritardo dell’insorgenza delle principali patologie legate all’invecchiamento della popolazione; pertanto il progetto intende sviluppare nuovi alimenti ad alto valore nutrizionale, nuovi regimi dietetici e programmi specifici di nutrizione personalizzata, e favorire nuovi percorsi a supporto della salute, benessere e sicurezza della popolazione più fragile. Obiettivi specifici del progetto sono:

  • Sviluppo di (Bio)tecnologie agroalimentari
  • Sviluppo di nuovi alimenti ad alto valore salutistico
  • Tecnologie green per l’estrazione e la stabilizzazione di biocomposti
  • Identificazione di biomarcatori precoci
  • Strategie innovative per l’active and healthy aging
  • Analisi integrata delle basi fisiopatologiche dell’invecchiamento
  • Cultura ed educazione del cibo
PNRR ONFOODS (SPOKE 6) - Tackling Malnutrition
Inizio: 01/10/2022   Fine: 30/04/2026

MUR

Lodi, Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/10/2022 - 30/04/2026
Ente finanziatore:
MUR
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Lodi, Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

PNRR ONFOODS (SPOKE 6) - Tackling Malnutrition


La malnutrizione rappresenta una delle principali sfide sanitarie e sociali contemporanee, con un impatto significativo sulla salute, sulla qualità della vita e sulla resilienza delle fasce più vulnerabili della popolazione. In questo contesto, il progetto si inserisce nelle attività dello Spoke 06 “Tackling Malnutrition”, con l’obiettivo di sviluppare strategie nutrizionali mirate e sostenibili per bambini con obesità, soggetti pediatrici fragili e anziani a rischio. L’approccio adottato è multidimensionale e integra fattori biologici, nutrizionali, ambientali e socioeconomici, valorizzando il ruolo chiave del microbiota intestinale nella prevenzione e nel contrasto della malnutrizione.

In tale ambito, l’IBBA è fortemente coinvolto attraverso i progetti GLUTTON e GUITARIS, focalizzati rispettivamente sul miglioramento della composizione delle formule per l’infanzia e sul ruolo del microbiota intestinale come target nutrizionale in condizioni di malnutrizione e patologie associate. Le attività includono l’identificazione di biomarcatori, lo studio dei meccanismi di azione di molecole bioattive e la valutazione di interventi nutrizionali innovativi e personalizzati. I risultati contribuiscono allo sviluppo di modelli alimentari sostenibili, alimenti funzionali e strumenti di supporto alle politiche alimentari, rafforzando le attività di disseminazione e sensibilizzazione rivolte alle popolazioni fragili.

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