StaffCarlotta De Filippo


Informazioni



E-mail
defilippo@ibba.cnr.it

Telefono
+39 0552759322

Sede
Pisa

Aree di attività
QUALY


ORCID: 0000-0002-2222-6524
Google Scholar: Profile
Research Gate: Carlotta De Filippo
Scopus Author ID: 55964602400
WoS Researcher ID: AAB-5805-2019

De Filippo Carlotta

I° Ricercatore

Formazione

2018: Abilitazione Scientifica Nazionale per il ruolo di Professore Universitario di Seconda fascia, settore concorsuale Microbiologia Generale 05/I2 (BIO19)

2003: Visiting Scientist presso Bauer Center for Genomic Research, Harvard University (Cambridge, MA, USA)

2003: Dottore di Ricerca in Farmacologia e Tossicologia (XIV ciclo), Università degli Studi di Firenze

1999-2000: Visiting PhD student presso Harvard School of Public Health (Boston, MA, USA)

1995: Laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Firenze.

Esperienze professionali

2020-Oggi: Primo Ricercatore, Istituto di Biologia e Biotecnologie Agrarie (IBBA-CNR) sezione di Pisa, Area Strategica “Alimentazione”

2016-2020: Ricercatore III livello, Istituto di Biologia e Biotecnologie Agrarie (IBBA-CNR) sezione di Pisa, 2015-2016 Assegnista di Ricerca Senior, Istituto di Biometereologia (Firenze), Consiglio Nazionale delle Ricerche

2011-2015: Ricercatore a Tempo Determinato, Dipartimento di Qualità Alimentare e Nutrizione, Fondazione Edmund Mach San Michele all’Adige (TN)

2006-2011: Ricercatore a Tempo Determinato (RTD Moratti), Dipartimento di Farmacologia Preclinica e Clinica “M. Aiazzi Mancini”, Università degli Studi di Firenze

2003-2006: Assegnista di ricerca, Dipartimento di Farmacologia Preclinica e Clinica “M. Aiazzi Mancini”, Università degli Studi di Firenze

Interessi scientifici

Studio delle comunità microbiche complesse (batteri e funghi) presenti nell’organismo umano e animale. Questo viene fatto utilizzando tecniche di sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing), per analizzare la struttura, il contenuto genico e la funzione di queste comunità microbiche. L’obiettivo è comprendere i fattori molecolari che influenzano la risposta immunitaria dell’ospite, mediante approcci di genomica funzionale, metagenomica,  metabolomica e bioinformatica.

In questo contesto, l’obiettivo è valutare come le differenze nella dieta influenzino la composizione del microbiota intestinale e come queste differenze siano influenzate dalla globalizzazione degli alimenti. Questi studi consentono di comprendere il ruolo congiunto della dieta e del microbiota intestinale nel metabolismo di molecole cruciali per la salute dell’intestino, come gli acidi grassi a catena corta (SCFAs). L’analisi della relazione tra dieta, microbiota intestinale e metabolismo delle molecole chiave fornisce informazioni preziose per comprendere gli effetti sulla salute dell’interazione tra l’alimentazione e la comunità microbica intestinale

Progetti attivi

Progetti conclusi

BIO-MEMORY
Inizio: 15/10/2021   Fine: 15/02/2024

CNR

Milano, Lodi, Pisa, Roma
Flavia Pizzi, Aldo Ceriotti

Durata Progetto:
15/10/2021 - 15/02/2024
Ente finanziatore:
CNR
Responsabili di progetto:
Flavia Pizzi, Aldo Ceriotti
Sedi:
Milano, Lodi, Pisa, Roma

BIO-MEMORY


Il progetto è organizzato in 3 attività principali:

1) Implementazione e aggiornamento della rete di biobanche BioGenRes, con particolare attenzione alle collezioni riconosciute a livello nazionale/internazionale, di campioni di specie animali, vegetali o microrganismi (banche del germoplasma animale e vegetale, ceppoteche microbiche di organismi patogeni/tossigeni, di nematodi, microflora di suoli e acque e microrganismi utilizzati in agro-industria e alimentazione (es. starter microbici per le fermentazioni)).

2) Replicazione (ringiovanimento) e ampliamento del materiale stoccato nelle collezioni. Per le collezioni vegetali e microbiche: moltiplicazione delle accessioni di cui si dispone una esigua quantità di materiale e ringiovanimento delle accessioni i cui i dati di vitalità del seme sono al di sotto degli standard previsti (> 85%). Per le collezioni animali di interesse zootecnico: raccolta e congelamento di materiale genetico di razze locali a completamento di campionamenti effettuati in precedenti progetti o ampliamento del numero di specie e razze conservate nelle criobanche.

3) Caratterizzazione biochimica, molecolare, metabolica, funzionale e fenotipica del materiale conservato nelle biobanche della rete BioGenRes, anche al fine di realizzare studi di associazione e di identificare marcatori associati a caratteri legati alla produzione e/o all’adattamento a fattori di stress biotici e abiotici.

sPATIALS3 - Miglioramento delle produzioni agroalimentari e tecnologie innovative per un’alimentazione più sana, sicura e sostenibile
Inizio: 01/02/2020   Fine: 31/10/2022

Regione Lombardia

Milano, Lodi   Sito web

Francesca Sparvoli

Durata Progetto:
01/02/2020 - 31/10/2022
Ente finanziatore:
Regione Lombardia
Responsabili di progetto:
Francesca Sparvoli
Sedi:
Milano, Lodi
Sito web del Progetto:
Sito web

sPATIALS3 - Miglioramento delle produzioni agroalimentari e tecnologie innovative per un’alimentazione più sana, sicura e sostenibile


Il progetto si configura come un HUB tecnologico e di ricerca che coinvolge 12 istituti CNR, appartenenti a 4 diversi Dipartimenti, e 4 aziende, i cui obiettivi sono: ottenere prodotti migliorati per le proprietà nutrizionali e funzionali; fornire e implementare tecnologie di precisione per garantire la sicurezza, la tracciabilità e la qualità dei prodotti; sviluppare smart– e active-packaging ecosostenibili e innovativi per minimizzare e recuperare, ove possibile, gli sprechi e aumentare la conservabilità degli alimenti; fornire al consumatore e alle aziende strumenti per la fruibilità dei risultati.

MEATIC - Faecal microbiome as determinant of the effect of diet on colorectal-cancer risk: comparison of meat based versus pesco-vegetarian diets
Inizio: 30/04/2018   Fine: 29/04/2021

JPI HDHL-INTIMIC

Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
30/04/2018 - 29/04/2021
Ente finanziatore:
JPI HDHL-INTIMIC
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

MEATIC - Faecal microbiome as determinant of the effect of diet on colorectal-cancer risk: comparison of meat based versus pesco-vegetarian diets


E’ ormai noto come il cancro del colon-retto (CRC) sia fortemente influenzato dalla dieta, in particolare è ormai dimostrato come alimenti quali carne rossa e trasformata ne aumentino il rischio. È importante sottolineare che, sebbene vari meccanismi siano stati ipotizzati, non è ancora chiaro il ruolo del microbiota intestinale in questo processo. Lo scopo del progetto è quindi quello di comprendere il ruolo del microbiota intestinale come determinante dell’effetto della dieta sul rischio di CRC e identificarne specifici profili e microbioti associati a tale rischio. La ricerca prevede uno studio condotto sull’uomo (studio clinico su volontari sani) e tre studi su modelli animali, in cui confrontiamo in parallelo l’effetto sul microbiota intestinale di una dieta a base di carne rossa ad alto rischio (MBD), una dieta MBD integrata con tocoferolo a medio rischio (MBD-T), con una dieta pesco-vegetariana (PVD) associata a un rischio di CRC inferiore. Inoltre, al fine di elucidare ulteriormente i meccanismi con cui il microbiota intestinale esercita il suo effetto sul rischio di CRC eseguiremo uno studio in un modello sperimentale in cui in animali germ-free eseguiremo il trapianto di microbiota fecale (FMT) di ratti alimentati con le tre diete. I profili del microbiota intestinale e dei relativi metaboliti specifici (SCFAs, Aminoacidi, Acidi biliari) associati a queste diete saranno correlati con la cancerogenesi, misurando biomarkers specifici di rischio  nell’uomo, e la tumorigenesi del colon-retto nei ratti alimentati con le stesse diete. I risultati forniranno una visione fondamentale del ruolo del microbiota nel determinare l’effetto della dieta, in particolare l’assunzione di carne rossa e trasformata, sul rischio di CRC.

KEPT: Knowledge Platform on food, diet, intestinal microbiomes and human health
Inizio: 01/10/2019   Fine: 30/09/2021

JPI HDHL-INTIMIC

Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/10/2019 - 30/09/2021
Ente finanziatore:
JPI HDHL-INTIMIC
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

KEPT: Knowledge Platform on food, diet, intestinal microbiomes and human health


Numerosi studi suggeriscono che il microbiota intestinale modula il rischio di diverse patologie croniche, tra cui diabete di tipo 2, allergie, malattie cardiovascolari e cancro del colon-retto (CRC). I fattori dietetici sono correlati al rischio di malattia cronica e sono stati suggeriti capaci di modulare la composizione e la funzione del microbiota intestinale. Tuttavia, le conoscenze dettagliate sulla relazione tra dieta, microbiota e rischio di malattia cronica sono ancora limitate. L’obiettivo generale della Knowledge Platform è di promuovere studi sul microbiota, l’alimentazione e la salute riunendo le informazioni disponibili nel campo della ricerca sul microbioma, sugli alimenti, la nutrizione e la salute in modo interdisciplinare, che includa anche altre discipline quali ad esempio le scienze alimentari e la metabolomica, che sono rilevanti in questo contesto. L’obiettivo è rendere queste informazioni reperibili, accessibili, interoperabili e riutilizzabili (FAIR principles: data Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) alla comunità scientifica e collegare e fornire informazioni approfondite ai vari soggetti interessati. Attraverso questi sforzi emergerà una rete di collaborazione transnazionale e multidisciplinare, che svilupperà e aumenterà ulteriormente l’impatto della ricerca sul microbiota nella salute umana. Le aree di ricerca urgenti in questo KP sono state identificate come lo studio del ruolo del microbiota nella prima infanzia, durante l’invecchiamento e nelle malattie subcliniche e clinicamente manifeste.

MAMMAL: Minimally-modified AMino Microbiota heALth
Inizio: 01/01/2021   Fine: 30/06/2023

EIT FOOD

Lodi, Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/01/2021 - 30/06/2023
Ente finanziatore:
EIT FOOD
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Lodi, Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

MAMMAL: Minimally-modified AMino Microbiota heALth


Il progetto MAMMAL mira a migliorare il latte artificiale per l’infanzia determinando l’impatto della lavorazione degli alimenti sulla generazione di proteine specifiche incluse nel prodotto che a loro volta promuovono un microbiota intestinale sano.

MAMMAL prevederà lo sviluppo di una piattaforma che utilizza algoritmi di Machine Learning per elaborare i dati di questa ricerca. Ciò ci consentirà di associare la lavorazione degli alimenti con la generazione di diverse proteine modificate specifiche e di determinare gli effetti che queste hanno sul microbiota intestinale dei bambini. La piattaforma fornirà una guida sulla trasformazione degli alimenti e svilupperà nuove formulazioni proteiche mirate che potrebbero essere utilizzate nella produzione del latte artificiale per l’infanzia. Le aziende che producono latte artificiale potranno utilizzare questa piattaforma per determinare le proteine più utili da includere, aiutandole a sviluppare nuove formule che promuovono un microbiota intestinale sano nelle prime fasi della crescita.

Il Progetto ha come partner accademico il CSIC (Spagna) e come partner industriale la Danone (Francia).

MIGHT: Gut Microbiota as a bioremediator for gut-health in infants
Inizio: 01/01/2022   Fine: 31/01/2024

CNR

Lodi, Pisa   Sito web

Carlotta De Filippo

Durata Progetto:
01/01/2022 - 31/01/2024
Ente finanziatore:
CNR
Responsabili di progetto:
Carlotta De Filippo
Sedi:
Lodi, Pisa
Sito web del Progetto:
Sito web

MIGHT: Gut Microbiota as a bioremediator for gut-health in infants


La comprensione della relazione tra dieta, metaboliti e ospite/microbiota è una delle sfide chiave per studiare la nutrizione personalizzata per i segmenti più fragili della popolazione, come i bambini. A questo proposito, l’apparato digerente incompleto del neonato allattato con formule a base di latte può essere influenzato da modificazioni di proteine/carboidrati derivanti dai processi di lavorazione. Poiché che il microbiota intestinale è cruciale per l’omeostasi e lo sviluppo di un sistema immunitario funzionale o l’insorgenza di intolleranze, la sua modulazione attraverso interventi dietetici è uno degli approcci più promettenti.

Il progetto MIGHT innova la produzione di latti artificiali, dimostrando che gli amminoacidi minimamente modificati potrebbero esercitare specifici esiti positivi (produzione di acidi grassi a catena corta, noti per le loro proprietà antinfiammatorie) in presenza di alcune specie microbiche, anche nel caso di una ridotta digeribilità nell’intestino tenue. Inoltre verranno sviluppati tool informatici (ontologie della nutrizione), nonché la strutturazione dei dati verrà gestita tramite risorse di database dedicati. I risultati saranno utilizzati come una serie interconnessa di strumenti innovativi con la progettazione di modifiche mirate di proteine e aminoacidi negli alimenti per altri segmenti fragili della popolazione come agli anziani al fine di migliorare la qualità dei latti artificiali e lo stato di salute del microbiota intestinale.

 

Istituto

Cerca nel sito