COVES - Sviluppo e validazione di una metodica rapida per la rilevazione di SARSCoV-2 su superfici ambientali

Il progetto COVES intende sviluppare e validare una procedura semplificata di campionamento ed analisi su dispositivo portatile e condivisione dei risultati in tempo reale per la rilevazione specifica e sensibile del virus SARS-CoV-2 negli ambienti di lavoro. Tale procedura permetterà alle aziende del territorio di garantire una maggior sicurezza nelle aree di lavoro, riducendo così l’impatto negativo che un’emergenza come quella creata dal COVID-19 ha sull’economia locale e nazionale e diminuendo allo stesso tempo il gap tra la gestione delle informazioni e le soluzioni proposte. Il principale risultato del progetto sarà la messa a punto di un metodo rapido di analisi ambientale per SARS-CoV-2, adatto ad un utilizzo da campo, da parte di operatori non esperti e corredato da una robusta validazione scientifica. Il progetto coinvolge Hyris Ltd, capofila del progetto, che sviluppa la tecnologia, IBBA CNR che avrà in carico le validazioni del metodo e la sede territoriale di Pavia dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell’Emilia-Romagna (IZSLER) che ne validerà “in-situ” l’efficacia su diverse superfici contaminate utilizzando campioni positivi al SARS-CoV-2 a titolo noto.

CARTELLONE – TARGA – POSTER

Analisi del DNA tramite dispositivo portatile a basso costo per la sicurezza agroalimentare

Obiettivo di questo progetto è la messa a punto di nuovi metodi molecolari specifici per la ricerca di patogeni alimentari lungo la filiera lattiero casearia, in modo da superare le criticità legate alla gestione dei campioni in campo. In particolare il committente Hyris Ltd con questa ricerca intendeva implementare sulla propria piattaforma nuovi metodi di analisi in Real-Time PCR applicabili alla matrice lattiero-casearia, in grado di rilevare sul campo, lungo la filiera produttiva, la presenza di patogeni responsabili di tossinfezioni alimentari.

InterOmics – Sottoprogetto Tecnologie omiche per la valorizzazione del germoplasma di frumento duro

Il progetto si articola in tre step:

1) L’avvio di un’iniziativa volta al sequenziamento del genoma di frumento duro; l’obiettivo sarà perseguito attraverso strategie complementari che, nel loro complesso, permetteranno di affrontare le due principali problematiche associate al sequenziamento del complesso genoma di questa specie (presenza di due genomi altamente simili e alta percentuale di sequenze ripetute).

2) La caratterizzazione a livello proteomico e metabolomico delle varietà utilizzate per gli studi di genomica. I risultati di questa analisi saranno integrati con quelli prodotti dall’analisi genomica, evidenziando la presenza di eventi post-trascrizionali e post-traduzionali nella biosintesi delle proteine e fornendo indicazioni sulla attivazione di specifici percorsi metabolici.

3) La fenotipizzazione di 150 accessioni già genotipizzate (profili SNP) e derivate tramite Single Seed Descent da landraces/ecotipi. Questa collezione è conservata presso la sede di Bari dell’Istituto di Bioscienze e Biorisorse del Consiglio Nazionale delle Ricerche. Questi materiali consentiranno la realizzazione di una analisi di mappatura per associazione tra gli SNPs e le caratteristiche morfo-fisiologiche delle piante, fornendo quindi le basi per l’utilizzazione di queste risorse genetiche nella costituzione di nuove varietà di frumento duro.

FilAgro – Strategie innovative e sostenibili per la filiera agroalimentare

Il progetto FilAgro intende dare risposte concrete alle esigenze emergenti nel settore dell’agricoltura, legate alla sostenibilità delle produzioni; alla salvaguardia dell’ambiente e della biodiversità; al miglioramento della qualità delle produzioni alimentari in termini di salubrità, sicurezza e caratteristiche nutrizionali; allo sviluppo tecnologico e al trasferimento dei risultati al settore produttivo; alla diffusione delle nuove conoscenze; tutti argomenti ritenuti prioritari nei programmi di EXPO 2015, di Horizon 2020 e negli obiettivi del programma triennale 2013-2015 della DG Agricoltura della Regione Lombardia.

FREECLIMB - Fruit Crops Resilience to Climate Change in the Mediterranean Basin

Il progetto FREECLIMB intende rispondere agli obiettivi del programma PRIMA (Sect. 2) di HORIZON 2020 (EU Research Framework) per lo sviluppo di sistemi agricoli innovativi e sostenibili nell’area Mediterranea, che preservino le risorse naturali (acqua ed uso di suolo) attraverso un aumento dell’efficienza produttiva. Ciò verrà perseguito aumentando la conoscenza sui meccanismi con cui le piante si adattano all’ambiente e resistono agli stress biotici ed abiotici. Il progetto FREECLIMB include le più importanti specie arboree del Mediterraneo, con l’obiettivo di incrementare la disponibilità di germoplasma e varietà adatte ad usare risorse esterne limitate (input) e ad adattarsi agli scenari climatici futuri predetti per l’area mediterranea, attraverso la caratterizzazione e l’utilizzo della biodiversità locale. Il progetto si concentrerà su ideotipi chiave elaborati in collaborazione con i coltivatori di frutta (Fruit Farming Actors -FFAs, breeders, vivaisti, coltivatori) con lo scopo principale di fornire germoplasma, metodi e strumenti per accelerare lo sfruttamento, il miglioramento genetico e la selezione di varietà resilienti per le più importanti specie arboree mediterranee (frutti con seme come pesca, albicocca e mandorla, agrumi, uva ed olive).

AGENZIA VENETA INNOV - BIONET

Raccolta, valutazione e conservazione di materiale genetico della razza bovina Burlina come back up nel medio e lungo termine nel caso di estinzione della razza o insorgenza di problemi genetici nella razza (perdita di linee genetiche, eccessiva consanguineità, ecc.). Il materiale genetico conservato consiste principalmente in materiale seminale crioconservato in azoto liquido e sangue per future estrazioni di DNA.

ASSONAPA - Creazione della Criobanca delle razze ovi-caprine locali italiane

Obiettivo del progetto è la gestione della variabilità genetica delle razze ovi caprine locali italiane attraverso la scelta dei donatori da conservare nella Criobanca e quidi la raccolta e conservazione del loro materiale genetico. A questo scopo nelle razze Pecora Massese, Ovino delle Langhe, Pecora Gentile di Puglia, capra Garganica e capra Nicastrese sono stati identificati i donatori di materiale genetico da archiviare nella Criobanca. Successivamente si è proceduto alla raccolta del materiale seminale utilizzando biotecnologie riproduttive, quali l’estrazione di spermatozoi epididimali, procedure che erano state precedentemente messe a punto nei laboratori IBBA di Lodi. Il materiale raccolto nel progetto potrà essere distribuito agli allevatori per essere utilizzato per le fecondazioni per una corretta gestione della variabilità genetica dell’allevamento e più in generale di tutta la razza.

NewPearl - Combining new phenotyping approaches and next generation sequencing to accelerate breeding in pearl millet, an orphan cereal from arid regions

Il progetto si propone di sviluppare strumenti e conoscenze per accelerare la costituzione di nuove varietà di miglio perlato, che abbiano una qualità nutrizionale superiore e siano meglio adattate a rispondere a condizioni di stress ambientale, allo scopo di aumentare la sicurezza alimentare nelle regioni aride, in particolare nell’Africa sub-Sahariana. La strategia prevede di combinare la fenotipizzazione di una collezione di oltre 100 linee di miglio perlato con nuove tecniche di risequenziamento dei genomi per individuare e sviluppare marcatori molecolari associati alle caratteristiche di intersesse. La fenotipizzazione riguarderà lo sviluppo dell’apparato radicale e l’interazione col miocrobiota della rizosfera (capacità di acquisire nutrienti e acqua) e l’analisi di composti del seme nutrizionalmente rilevanti (acido fitico e C-glucosilflavoni implicati rispettivamente nella biodisponibilità di ferro e iodio)

PARDOM - Parallel Domestications: the Phaseolus replicated experiment to understand genome evolution and adaptation

Il progetto si propone di studiare il processo di domesticazione nel genere Phaseolus, utilizzando come modello 4 eventi di domesticazione avvenuti nel fagiolo comune (P. vulgaris) e nel fagiolo di lima (P. lunatus), specie entrambe domesticate indipendentemente nella regione Mesoamericana e in quella Andina.

FASTBIOS: Miglioramento genetico del FAgiolo: STrategie di del contratto con lotta sostenibile alle principali malattie batteriche - virali e BIOfortificazione dei Semi

Scopo del progetto è lo sviluppo di linee/varietà di fagiolo migliorate per il profilo nutrizionale (biofortificate e a ridotto contenuto di fattori antinutrizionali) a partire da materiali genetici sviluppati da IBBA. Inoltre, è previsto lo sviluppo di prodotti innovativi, quali prodotti da forno, paste o snack funzionali destinati a specifiche categorie di consumatori quali diabetici, celiaci o individui con particolari necessità di ferro. A questo scopo è prevista la produzione di farine preparate a partire da diversi genotipi di fagiolo con combinazioni diverse di composti nutrizionalmente utili.

ARGENTO

L’obiettivo del progetto ARGENTO è di introdurre in Italia una nuova oleaginosa multiuso, Camelina sativa (L.) Crantz), come una preziosa fonte di olio (ricco di omega-3) e proteine a basso costo per l’alimentazione animale. Pertanto, durante questo progetto verranno valutati gli effetti di diverse tecniche agronomiche sulla qualità finale dei semi di due linee di camelina, allo scopo di migliorare alcuni tratti qualitativi dei semi per l’alimentazione del pollame. Parallelamente all’ottimizzazione delle tecniche agronomiche si eseguirà uno studio approfondito della via biosintetica dei glucosinolati (GLSs), principale composto antinutrizionale presente nei semi della camelina e si provvederà a ridurne la quantità inattivando alcuni geni, identificati come responsabili dell’accumulo dei GLS nel seme, utilizzando la tecnologia del genome editing mediante CRISPR/Cas9.

CERSAA17 - Identificazione di polimorfismi in sequenza, esclusivi per Citrus × myrtifolia ecotipo Savona o Chinotto di Savona

Il progetto si prefigge di identificare polimorfismi esclusivi nelle sequenze del DNA di Citrus × myrtifoliaecotipo Savona (Chinotto di Savona) con particolare attenzione alle sequenze introniche. L’obiettivo è quello di identificare mutazioni puntiformi uniche per l’ecotipo in esame, caratterizzandolo geneticamente da altre ecotipi diffusi sul territorio nazionale, al fine di valorizzarne la produzioni, incentivandone la coltivazione.

ANAFI - Analisi della variabilità genetica e dell’aplotipo ai loci lattoproteici finalizzata alla tutela della biodiversità e alla produzione di latti diversificati

L’attività svolta nel progetto ha come obiettivo l’analisi della variabilità genetica dei loci lattoproteici e lo studio dei loro aplotipi finalizzati alla tutela della biodiversità e all’individuazione di soggetti portatori di combinazioni genetiche favorevoli per la produzione di latti diversificati (più adatti alla trasformazione casearia, con potenziale maggiore digeribilità). Si è proceduto ad analizzare i risultati di genotipizzazione (Illumina beadchip) di tutti i dati storici a disposizione (oltre 220.000 individui di razza Frisona e oltre 600 individui di razza Jersey) in modo da verificare come le frequenze alleliche ai geni delle caseine stiano cambiando in questi ultimi anni. I risultati indicano che l’aumento dell’allele B, favorevole alla caseificazione, e la diminuzione dell’allele E sfavorevole alla k-caseina stanno compensando l’aumento dell’allele A 2 alla β-caseina, mantenendo generalmente una buona proporzione di aplotipi associati a buone proprietà casearie.

RABoLa - Strategie sostenibili per ridurre l’impiego di antibiotici nell’allevamento delle bovine da latte

Il progetto, che vede il coinvolgimento di diversi dipartimenti dell’Università degli Studi di Milano (DISAA, DIMEVET, VESPA), dei ricercatori del CNR ISPA e CNR IBBA e del Dipartimento DIANA dell’Università Cattolica del Sacro Cuore di Piacenza, ha come obiettivo primario l’individuazione di pratiche operative che consentano la riduzione dell’uso di antibiotici nell’allevamento delle bovine da latte. Nel corso della ricerca verranno validati protocolli operativi (somministrazione di Aloe arborescens, impiego di batteriocina di Lactococcus lactis subsp. cremoris in pre e post dipping, molecole per inibire Prototheca spp) già testati in via preliminare con risultati positivi intervenendo nell’intero ciclo di lattazione delle bovine.

Il successo del progetto RABoLa consentirà agli allevatori di usufruire di nuove strategie nutraceutiche e alternative all’uso di antibiotici, per potenziare le difese innate degli animali e ridurre l’incidenza e la gravità delle mastiti. La validazione di un efficace protocollo per la messa in asciutta selettiva degli animali porterebbe così all’immediata riduzione dell’impiego preventivo di antibiotici, in linea con quanto richiesto a livello europeo e mondiale.

CASTADIVA-Biodiversità e multifunzionalità del castagno. Valorizzazione delle risorse genetiche per lo sviluppo di aree submontane lombarde

Nel corso dei secoli il castagno, coltivato per i frutti ed il legname, è divenuto elemento essenziale di sussistenza per molte società delle aree montane e submontane, rivelando le sue potenzialità di specie multifunzionale. Tuttavia, oggi buona parte dei castagneti è in stato di degrado e abbandono, principalmente a causa dello spopolamento delle aree rurali, del cambiamento climatico globale e delle recenti epidemie di parassiti esotici. In un’ottica di recupero e valorizzazione delle risorse genetiche di castagno, il progetto CASTADIVA si propone principalmente di:

• mappare le aree castanicole di aree pilota della Regione Lombardia (castagneti del Comune Serle, BS e delle Prealpi varesine, VA);
• valutare la diversità genetica dei castagneti, caratterizzare geneticamente le varietà locali
• caratterizzare i frutti da un punto di vista morfologico, pomologico, qualitativo e nutrizionale;
• integrare i dati ottenuti dall’analisi genetica e morfometrica con i dati di tipo ecologico, selvicolturale, fitosanitario e possibilmente socio-economico;
• identificare le pratiche ottimali e i criteri gestionali per la conservazione e valorizzazione delle risorse genetiche del castagno da applicare nelle aree di maggiore interesse;
• trasferire le informazioni alle amministrazioni locali ed al mondo agricolo.

BIODIVAL - Biodiversità in Lombardia: Ampliamento della Banca delle Risorse Genetiche Animali Lombarde, LABank 2.0

Il focus del progetto è la conservazione e la valorizzazione di una biodiversità lombarda ancora poco conosciuta, che rischia di essere persa ancora prima di essere studiata. Il progetto si pone i tre seguenti obiettivi:

1) ampliamento della Banca delle Risorse Genetiche Lombarde – LABank -avviata nel 2008, con l’aggiunta di nuove razze e con l’incremento del materiale genetico di quelle già presenti. Al termine del progetto verrà creata LABank 2.0 quale risultato dell’ampliamento di LABank;

2) creazione del secondo sito della LABank 2.0, per minimizzare il rischio legato a eventuali eventi “catastrofici”, in accordo con le “Linee Guida FAO” (Cryoconservation of animal genetic resources. Animal Production and Health Guidelines No. 12. Complete Book. FAO, Rome p. 222., 2012), con il Piano Nazionale per la Biodiversità di interesse Agricolo (PNBA), emanato dal Ministero delle Politiche Agricole, Alimentari e Forestali e approvato il 14 Febbraio 2008;

3) sviluppare strumenti per una facile gestione e valorizzazione delle loro razze, in quanto parte importante della biodiversità animale autoctona lombarda, anche al fine di preservare e valorizzare gli agro-ecosistemi ad esse legati.

BIO-MEMORY

Il progetto è organizzato in 3 attività principali:

1) Implementazione e aggiornamento della rete di biobanche BioGenRes, con particolare attenzione alle collezioni riconosciute a livello nazionale/internazionale, di campioni di specie animali, vegetali o microrganismi (banche del germoplasma animale e vegetale, ceppoteche microbiche di organismi patogeni/tossigeni, di nematodi, microflora di suoli e acque e microrganismi utilizzati in agro-industria e alimentazione (es. starter microbici per le fermentazioni)).

2) Replicazione (ringiovanimento) e ampliamento del materiale stoccato nelle collezioni. Per le collezioni vegetali e microbiche: moltiplicazione delle accessioni di cui si dispone una esigua quantità di materiale e ringiovanimento delle accessioni i cui i dati di vitalità del seme sono al di sotto degli standard previsti (> 85%). Per le collezioni animali di interesse zootecnico: raccolta e congelamento di materiale genetico di razze locali a completamento di campionamenti effettuati in precedenti progetti o ampliamento del numero di specie e razze conservate nelle criobanche.

3) Caratterizzazione biochimica, molecolare, metabolica, funzionale e fenotipica del materiale conservato nelle biobanche della rete BioGenRes, anche al fine di realizzare studi di associazione e di identificare marcatori associati a caratteri legati alla produzione e/o all’adattamento a fattori di stress biotici e abiotici.