Ricerca

BIOGEN: Genomica e agrobiodiversità

Le indagini in quest’ambito si focalizzano sui genomi di animali, piante e microbi al fine di individuare i determinanti genetici coinvolti nell’adattamento all’ambiente, sia esso naturale, modificato o legato alle necessità dell’uomo. Includono: studi di genetica molecolare in wet e in silico; analisi statistica dei dati molecolari; raccolta ed elaborazione di Big Data da sistemi biologici di interesse agrario; studi della struttura biologica, riproduttiva, genetica ed evolutiva di specie animali per la conservazione del germoplasma. Tali ricerche sono supportate da pipeline/tool bioinformatici per l’analisi di dati massivi provenienti dalle varie omiche e da tecnologie avanzate per la raccolta e l’esame del materiale seminale per il mantenimento delle risorse genetiche.

Progetti

Attivi

GENOBU - Sequenziamento del genoma bufalino per il miglioramento quali-quantitativo delle produzioni agro-alimentari
Inizio: 01/01/2019   Fine: 31/12/2021

MIUR

Lodi
Bianca Castiglioni

Durata Progetto:
01/01/2019 - 31/12/2021
Ente finanziatore:
MIUR
Responsabili di progetto:
Bianca Castiglioni
Sedi:
Lodi

GENOBU - Sequenziamento del genoma bufalino per il miglioramento quali-quantitativo delle produzioni agro-alimentari


GENOBU è una idea progettuale originale, innovativa e multidisciplinare che si prefigge di realizzare il sequenziamento del genoma bufalino e di utilizzare le informazioni ottenute per il miglioramento genetico degli animali e la salubrità degli stessi, ed il miglioramento quali-quantitativo delle produzioni agro-alimentari di eccellenza derivanti. Durante il corso del progetto, saranno sviluppati know-how e tecnologie innovative di processo da fornire al settore industriale degli allevatori e dei trasformatori, con gli obiettivi di implementare/modernizzare la gestione e la selezione degli animali in allevamento, certificare le relative produzioni lattiero-casearie e carnee, ed assicurare ai consumatori qualità e sicurezza delle stesse, migliorando così l’efficienza dell’intera filiera produttiva e fornendo così valore aggiunto alle produzioni agroalimentari derivanti.

FREECLIMB - Fruit Crops Resilience to Climate Change in the Mediterranean Basin
Inizio: 01/04/2019   Fine: 31/03/2022

Unione Europea

Milano   Sito web

Filippo Biscarini

Durata Progetto:
01/04/2019 - 31/03/2022
Ente finanziatore:
Unione Europea
Responsabili di progetto:
Filippo Biscarini
Sedi:
Milano
Sito web del Progetto :
Sito web

FREECLIMB - Fruit Crops Resilience to Climate Change in the Mediterranean Basin


Il progetto FREECLIMB intende rispondere agli obiettivi del programma PRIMA (Sect. 2) di HORIZON 2020 (EU Research Framework) per lo sviluppo di sistemi agricoli innovativi e sostenibili nell’area Mediterranea, che preservino le risorse naturali (acqua ed uso di suolo) attraverso un aumento dell’efficienza produttiva. Ciò verrà perseguito aumentando la conoscenza sui meccanismi con cui le piante si adattano all’ambiente e resistono agli stress biotici ed abiotici. Il progetto FREECLIMB include le più importanti specie arboree del Mediterraneo, con l’obiettivo di incrementare la disponibilità di germoplasma e varietà adatte ad usare risorse esterne limitate (input) e ad adattarsi agli scenari climatici futuri predetti per l’area mediterranea, attraverso la caratterizzazione e l’utilizzo della biodiversità locale. Il progetto si concentrerà su ideotipi chiave elaborati in collaborazione con i coltivatori di frutta (Fruit Farming Actors -FFAs, breeders, vivaisti, coltivatori) con lo scopo principale di fornire germoplasma, metodi e strumenti per accelerare lo sfruttamento, il miglioramento genetico e la selezione di varietà resilienti per le più importanti specie arboree mediterranee (frutti con seme come pesca, albicocca e mandorla, agrumi, uva ed olive).

AGENZIA VENETA INNOV - BIONET
Inizio: 20/07/2018   Fine: 19/07/2022

Agenzia Veneta per l’innovazione nel settore primario

Lodi
Flavia Pizzi

Durata Progetto:
20/07/2018 - 19/07/2022
Ente finanziatore:
Agenzia Veneta per l’innovazione nel settore primario
Responsabili di progetto:
Flavia Pizzi
Sedi:
Lodi

AGENZIA VENETA INNOV - BIONET


Raccolta, valutazione e conservazione di materiale genetico della razza bovina Burlina come back up nel medio e lungo termine nel caso di estinzione della razza o insorgenza di problemi genetici nella razza (perdita di linee genetiche, eccessiva consanguineità, ecc.). Il materiale genetico conservato consiste principalmente in materiale seminale crioconservato in azoto liquido e sangue per future estrazioni di DNA.

PARDOM - Parallel Domestications: the Phaseolus replicated experiment to understand genome evolution and adaptation
Inizio: 29/04/2020   Fine: 28/04/2023

MIUR

Milano, Roma
Francesca Sparvoli

Durata Progetto:
29/04/2020 - 28/04/2023
Ente finanziatore:
MIUR
Responsabili di progetto:
Francesca Sparvoli
Sedi:
Milano, Roma

PARDOM - Parallel Domestications: the Phaseolus replicated experiment to understand genome evolution and adaptation


Il progetto si propone di studiare il processo di domesticazione nel genere Phaseolus, utilizzando come modello 4 eventi di domesticazione avvenuti nel fagiolo comune (P. vulgaris) e nel fagiolo di lima (P. lunatus), specie entrambe domesticate indipendentemente nella regione Mesoamericana e in quella Andina.

ARGENTO
Inizio: 29/08/2019   Fine: 28/08/2022

MIUR

Milano   Sito web

Incoronata Galasso

Durata Progetto:
29/08/2019 - 28/08/2022
Ente finanziatore:
MIUR
Responsabili di progetto:
Incoronata Galasso
Sedi:
Milano
Sito web del Progetto :
Sito web

ARGENTO


L’obiettivo del progetto ARGENTO è di introdurre in Italia una nuova oleaginosa multiuso, Camelina sativa (L.) Crantz), come una preziosa fonte di olio (ricco di omega-3) e proteine a basso costo per l’alimentazione animale. Pertanto, durante questo progetto verranno valutati gli effetti di diverse tecniche agronomiche sulla qualità finale dei semi di due linee di camelina, allo scopo di migliorare alcuni tratti qualitativi dei semi per l’alimentazione del pollame. Parallelamente all’ottimizzazione delle tecniche agronomiche si eseguirà uno studio approfondito della via biosintetica dei glucosinolati (GLSs), principale composto antinutrizionale presente nei semi della camelina e si provvederà a ridurne la quantità inattivando alcuni geni, identificati come responsabili dell’accumulo dei GLS nel seme, utilizzando la tecnologia del genome editing mediante CRISPR/Cas9.

RABoLa - Strategie sostenibili per ridurre l’impiego di antibiotici nell’allevamento delle bovine da latte
Inizio: 28/12/2018   Fine: 27/12/2021

Regione Lombardia

Milano, Lodi   Sito web

Paola Cremonesi, Laura Morello

Durata Progetto:
28/12/2018 - 27/12/2021
Ente finanziatore:
Regione Lombardia
Responsabili di progetto:
Paola Cremonesi, Laura Morello
Sedi:
Milano, Lodi
Sito web del Progetto :
Sito web

RABoLa - Strategie sostenibili per ridurre l’impiego di antibiotici nell’allevamento delle bovine da latte


Il progetto, che vede il coinvolgimento di diversi dipartimenti dell’Università degli Studi di Milano (DISAA, DIMEVET, VESPA), dei ricercatori del CNR ISPA e CNR IBBA e del Dipartimento DIANA dell’Università Cattolica del Sacro Cuore di Piacenza, ha come obiettivo primario l’individuazione di pratiche operative che consentano la riduzione dell’uso di antibiotici nell’allevamento delle bovine da latte. Nel corso della ricerca verranno validati protocolli operativi (somministrazione di Aloe arborescens, impiego di batteriocina di Lactococcus lactis subsp. cremoris in pre e post dipping, molecole per inibire Prototheca spp) già testati in via preliminare con risultati positivi intervenendo nell’intero ciclo di lattazione delle bovine.

Il successo del progetto RABoLa consentirà agli allevatori di usufruire di nuove strategie nutraceutiche e alternative all’uso di antibiotici, per potenziare le difese innate degli animali e ridurre l’incidenza e la gravità delle mastiti. La validazione di un efficace protocollo per la messa in asciutta selettiva degli animali porterebbe così all’immediata riduzione dell’impiego preventivo di antibiotici, in linea con quanto richiesto a livello europeo e mondiale.

Non attivi

COVES - Sviluppo e validazione di una metodica rapida per la rilevazione di SARSCoV-2 su superfici ambientali
Inizio: 21/04/2020   Fine: 20/10/2020

Regione Lombardia

Lodi
Paola Cremonesi

Durata Progetto:
21/04/2020 - 20/10/2020
Ente finanziatore:
Regione Lombardia
Responsabili di progetto:
Paola Cremonesi
Sedi:
Lodi

COVES - Sviluppo e validazione di una metodica rapida per la rilevazione di SARSCoV-2 su superfici ambientali


Il progetto COVES intende sviluppare e validare una procedura semplificata di campionamento ed analisi su dispositivo portatile e condivisione dei risultati in tempo reale per la rilevazione specifica e sensibile del virus SARS-CoV-2 negli ambienti di lavoro. Tale procedura permetterà alle aziende del territorio di garantire una maggior sicurezza nelle aree di lavoro, riducendo così l’impatto negativo che un’emergenza come quella creata dal COVID-19 ha sull’economia locale e nazionale e diminuendo allo stesso tempo il gap tra la gestione delle informazioni e le soluzioni proposte. Il principale risultato del progetto sarà la messa a punto di un metodo rapido di analisi ambientale per SARS-CoV-2, adatto ad un utilizzo da campo, da parte di operatori non esperti e corredato da una robusta validazione scientifica. Il progetto coinvolge Hyris Ltd, capofila del progetto, che sviluppa la tecnologia, IBBA CNR che avrà in carico le validazioni del metodo e la sede territoriale di Pavia dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell’Emilia-Romagna (IZSLER) che ne validerà “in-situ” l’efficacia su diverse superfici contaminate utilizzando campioni positivi al SARS-CoV-2 a titolo noto.

CARTELLONETARGAPOSTER

Analisi del DNA tramite dispositivo portatile a basso costo per la sicurezza agroalimentare
Inizio: 13/02/2019   Fine: 12/06/2019

Hyris Ltd

Lodi   Sito web

Bianca Castiglioni

Durata Progetto:
13/02/2019 - 12/06/2019
Ente finanziatore:
Hyris Ltd
Responsabili di progetto:
Bianca Castiglioni
Sedi:
Lodi
Sito web del Progetto :
Sito web

Analisi del DNA tramite dispositivo portatile a basso costo per la sicurezza agroalimentare


Obiettivo di questo progetto è la messa a punto di nuovi metodi molecolari specifici per la ricerca di patogeni alimentari lungo la filiera lattiero casearia, in modo da superare le criticità legate alla gestione dei campioni in campo. In particolare il committente Hyris Ltd con questa ricerca intendeva implementare sulla propria piattaforma nuovi metodi di analisi in Real-Time PCR applicabili alla matrice lattiero-casearia, in grado di rilevare sul campo, lungo la filiera produttiva, la presenza di patogeni responsabili di tossinfezioni alimentari.

InterOmics – Sottoprogetto Tecnologie omiche per la valorizzazione del germoplasma di frumento duro
Inizio: 29/07/2014   Fine: 31/12/2018

MIUR

Milano, Lodi   Sito web

Aldo Ceriotti

Durata Progetto:
29/07/2014 - 31/12/2018
Ente finanziatore:
MIUR
Responsabili di progetto:
Aldo Ceriotti
Sedi:
Milano, Lodi
Sito web del Progetto :
Sito web

InterOmics – Sottoprogetto Tecnologie omiche per la valorizzazione del germoplasma di frumento duro


Il progetto si articola in tre step:

1) L’avvio di un’iniziativa volta al sequenziamento del genoma di frumento duro; l’obiettivo sarà perseguito attraverso strategie complementari che, nel loro complesso, permetteranno di affrontare le due principali problematiche associate al sequenziamento del complesso genoma di questa specie (presenza di due genomi altamente simili e alta percentuale di sequenze ripetute).

2) La caratterizzazione a livello proteomico e metabolomico delle varietà utilizzate per gli studi di genomica. I risultati di questa analisi saranno integrati con quelli prodotti dall’analisi genomica, evidenziando la presenza di eventi post-trascrizionali e post-traduzionali nella biosintesi delle proteine e fornendo indicazioni sulla attivazione di specifici percorsi metabolici.

3) La fenotipizzazione di 150 accessioni già genotipizzate (profili SNP) e derivate tramite Single Seed Descent da landraces/ecotipi. Questa collezione è conservata presso la sede di Bari dell’Istituto di Bioscienze e Biorisorse del Consiglio Nazionale delle Ricerche. Questi materiali consentiranno la realizzazione di una analisi di mappatura per associazione tra gli SNPs e le caratteristiche morfo-fisiologiche delle piante, fornendo quindi le basi per l’utilizzazione di queste risorse genetiche nella costituzione di nuove varietà di frumento duro.

FilAgro – Strategie innovative e sostenibili per la filiera agroalimentare
Inizio: 05/08/2013   Fine: 31/10/2015

Regione Lombardia

Milano, Lodi
Diego Breviario

Durata Progetto:
05/08/2013 - 31/10/2015
Ente finanziatore:
Regione Lombardia
Responsabili di progetto:
Diego Breviario
Sedi:
Milano, Lodi

FilAgro – Strategie innovative e sostenibili per la filiera agroalimentare


Il progetto FilAgro intende dare risposte concrete alle esigenze emergenti nel settore dell’agricoltura, legate alla sostenibilità delle produzioni; alla salvaguardia dell’ambiente e della biodiversità; al miglioramento della qualità delle produzioni alimentari in termini di salubrità, sicurezza e caratteristiche nutrizionali; allo sviluppo tecnologico e al trasferimento dei risultati al settore produttivo; alla diffusione delle nuove conoscenze; tutti argomenti ritenuti prioritari nei programmi di EXPO 2015, di Horizon 2020 e negli obiettivi del programma triennale 2013-2015 della DG Agricoltura della Regione Lombardia.

ASSONAPA - Creazione della Criobanca delle razze ovi-caprine locali italiane
Inizio: 30/05/2018   Fine: 29/05/2020

Associazione Nazionale della Pastorizia (ASSONAPA)

Lodi
Flavia Pizzi

Durata Progetto:
30/05/2018 - 29/05/2020
Ente finanziatore:
Associazione Nazionale della Pastorizia (ASSONAPA)
Responsabili di progetto:
Flavia Pizzi
Sedi:
Lodi

ASSONAPA - Creazione della Criobanca delle razze ovi-caprine locali italiane


Obiettivo del progetto è la gestione della variabilità genetica delle razze ovi caprine locali italiane attraverso la scelta dei donatori da conservare nella Criobanca e quidi la raccolta e conservazione del loro materiale genetico. A questo scopo nelle razze Pecora Massese, Ovino delle Langhe, Pecora Gentile di Puglia, capra Garganica e capra Nicastrese sono stati identificati i donatori di materiale genetico da archiviare nella Criobanca. Successivamente si è proceduto alla raccolta del materiale seminale utilizzando biotecnologie riproduttive, quali l’estrazione di spermatozoi epididimali, procedure che erano state precedentemente messe a punto nei laboratori IBBA di Lodi. Il materiale raccolto nel progetto potrà essere distribuito agli allevatori per essere utilizzato per le fecondazioni per una corretta gestione della variabilità genetica dell’allevamento e più in generale di tutta la razza.

NewPearl - Combining new phenotyping approaches and next generation sequencing to accelerate breeding in pearl millet, an orphan cereal from arid regions
Inizio: 01/05/2013   Fine: 30/09/2018

Fondazione Cariplo

Milano
Francesca Sparvoli

Durata Progetto:
01/05/2013 - 30/09/2018
Ente finanziatore:
Fondazione Cariplo
Responsabili di progetto:
Francesca Sparvoli
Sedi:
Milano

NewPearl - Combining new phenotyping approaches and next generation sequencing to accelerate breeding in pearl millet, an orphan cereal from arid regions


Il progetto si propone di sviluppare strumenti e conoscenze per accelerare la costituzione di nuove varietà di miglio perlato, che abbiano una qualità nutrizionale superiore e siano meglio adattate a rispondere a condizioni di stress ambientale, allo scopo di aumentare la sicurezza alimentare nelle regioni aride, in particolare nell’Africa sub-Sahariana. La strategia prevede di combinare la fenotipizzazione di una collezione di oltre 100 linee di miglio perlato con nuove tecniche di risequenziamento dei genomi per individuare e sviluppare marcatori molecolari associati alle caratteristiche di intersesse. La fenotipizzazione riguarderà lo sviluppo dell’apparato radicale e l’interazione col miocrobiota della rizosfera (capacità di acquisire nutrienti e acqua) e l’analisi di composti del seme nutrizionalmente rilevanti (acido fitico e C-glucosilflavoni implicati rispettivamente nella biodisponibilità di ferro e iodio)

FASTBIOS: Miglioramento genetico del FAgiolo: STrategie di del contratto con lotta sostenibile alle principali malattie batteriche - virali e BIOfortificazione dei Semi
Inizio: 01/06/2018   Fine: 31/12/2019

Blumen Group SpA, Molino Zanone

Milano
Francesca Sparvoli

Durata Progetto:
01/06/2018 - 31/12/2019
Ente finanziatore:
Blumen Group SpA, Molino Zanone
Responsabili di progetto:
Francesca Sparvoli
Sedi:
Milano

FASTBIOS: Miglioramento genetico del FAgiolo: STrategie di del contratto con lotta sostenibile alle principali malattie batteriche - virali e BIOfortificazione dei Semi


Scopo del progetto è lo sviluppo di linee/varietà di fagiolo migliorate per il profilo nutrizionale (biofortificate e a ridotto contenuto di fattori antinutrizionali) a partire da materiali genetici sviluppati da IBBA. Inoltre, è previsto lo sviluppo di prodotti innovativi, quali prodotti da forno, paste o snack funzionali destinati a specifiche categorie di consumatori quali diabetici, celiaci o individui con particolari necessità di ferro. A questo scopo è prevista la produzione di farine preparate a partire da diversi genotipi di fagiolo con combinazioni diverse di composti nutrizionalmente utili.

CERSAA17 - Identificazione di polimorfismi in sequenza, esclusivi per Citrus × myrtifolia ecotipo Savona o Chinotto di Savona
Inizio: 28/08/2017   Fine: 27/02/2018

Centro Di Sperimentazione e Assistenza Agricola (CERSAA)

Milano
Luca Braglia

Durata Progetto:
28/08/2017 - 27/02/2018
Ente finanziatore:
Centro Di Sperimentazione e Assistenza Agricola (CERSAA)
Responsabili di progetto:
Luca Braglia
Sedi:
Milano

CERSAA17 - Identificazione di polimorfismi in sequenza, esclusivi per Citrus × myrtifolia ecotipo Savona o Chinotto di Savona


Il progetto si prefigge di identificare polimorfismi esclusivi nelle sequenze del DNA di Citrus × myrtifoliaecotipo Savona (Chinotto di Savona) con particolare attenzione alle sequenze introniche. L’obiettivo è quello di identificare mutazioni puntiformi uniche per l’ecotipo in esame, caratterizzandolo geneticamente da altre ecotipi diffusi sul territorio nazionale, al fine di valorizzarne la produzioni, incentivandone la coltivazione.

ANAFI - Analisi della variabilità genetica e dell’aplotipo ai loci lattoproteici finalizzata alla tutela della biodiversità e alla produzione di latti diversificati
Inizio: 06/12/2017   Fine: 05/12/2019

Associazione Nazionale Allevatori di bovini della razza Frisona Italiana (ANAFI)

Lodi   Sito web

Paola Cremonesi

Durata Progetto:
06/12/2017 - 05/12/2019
Ente finanziatore:
Associazione Nazionale Allevatori di bovini della razza Frisona Italiana (ANAFI)
Responsabili di progetto:
Paola Cremonesi
Sedi:
Lodi
Sito web del Progetto :
Sito web

ANAFI - Analisi della variabilità genetica e dell’aplotipo ai loci lattoproteici finalizzata alla tutela della biodiversità e alla produzione di latti diversificati


L’attività svolta nel progetto ha come obiettivo l’analisi della variabilità genetica dei loci lattoproteici e lo studio dei loro aplotipi finalizzati alla tutela della biodiversità e all’individuazione di soggetti portatori di combinazioni genetiche favorevoli per la produzione di latti diversificati (più adatti alla trasformazione casearia, con potenziale maggiore digeribilità). Si è proceduto ad analizzare i risultati di genotipizzazione (Illumina beadchip) di tutti i dati storici a disposizione (oltre 220.000 individui di razza Frisona e oltre 600 individui di razza Jersey) in modo da verificare come le frequenze alleliche ai geni delle caseine stiano cambiando in questi ultimi anni. I risultati indicano che l’aumento dell’allele B, favorevole alla caseificazione, e la diminuzione dell’allele E sfavorevole alla k-caseina stanno compensando l’aumento dell’allele A 2 alla β-caseina, mantenendo generalmente una buona proporzione di aplotipi associati a buone proprietà casearie.

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